อาการปวดหัวคล้ายกับไมเกรน แต่มีข้อแตกต่างที่สำคัญบางประการ อาการปวดศีรษะแบบคลัสเตอร์ไม่เหมือนกับไมเกรน ซึ่งอาจอยู่ได้ทั้งวันหรืออาจนานหลายวันหากไม่ได้รับการรักษา อาการปวดศีรษะแบบคลัสเตอร์มักจะอยู่ที่ใดก็ได้ตั้งแต่ 15 ถึง 180 นาที แต่ก็เป็นไปได้ที่บางคนจะมีอาการปวดหัวแบบคลัสเตอร์มากถึงแปดครั้งในช่วง 24 ชั่วโมง

อาการปวดไมเกรนยังสามารถเปลี่ยนแปลงได้ในตำแหน่ง ในทางตรงกันข้าม อาการปวดศีรษะแบบคลัสเตอร์เกี่ยวข้องกับศีรษะเพียงข้างเดียว โดยทั่วไปจะอยู่ที่ขมับหรือรอบดวงตา สุดท้าย คนที่มีอาการไมเกรนมักจะพักผ่อนในห้องที่เงียบและมืด ในขณะที่คนที่มีอาการปวดหัวแบบคลัสเตอร์มักจะกระสับกระส่ายและมักจะเดินไปรอบ ๆ ห้องมีข้อมูลจำกัดอย่างมากเกี่ยวกับลักษณะต่างๆ ของอาการปวดศีรษะแบบคลัสเตอร์ ได้แก่ อาการปวดหัวแบบคลัสเตอร์ที่เริ่มมีอาการในเด็ก และประสิทธิผลเปรียบเทียบของการรักษาอาการปวดศีรษะแบบคลัสเตอร์